Die junge und weltstädtische Sicht ermöglicht ein breites Spektrum an Kunst und legt dabei Wert auf die ästhetische Nähe der Künstler aus den verschiedenen Sparten.
Experimentierfreudig und an der Gegenwartskultur orientiert, zeigt sich das Muffatwerk immer wieder als Spielort der internationalen Szene und zählt hier zu den meistgeschätzten Aufführungsorten in Deutschland. Im Rahmen einer vielschichtigen Programmstruktur, die sich neben Musik aus Tanz, Theater, Musiktheater, Performance, Multimedia, Literatur und Bildender Kunst zusammensetzt, präsentierten sich im Muffatwerk internationale Größen wie Douglas Adams, Batsheva Dance Company, Jerome Bel, Big Art Group, Jonathan Borrows, T.C. Boyle, Rosemary Butcher, Boris Charmatz, Nigel Charnock, Douglas Coupland, Richard Dawkins, Dumb Type, Bret Easton Ellis, Ensemble Modern, Peter Esterhazy, Jan Fabre, Forced Entertain-ment, Heiner Goebbels, Wanda Golonka, Emio Greco, Michel Houellebecq, Siri Hustvedt, La Fura Dels Baus, Xavier LeRoy, Ray Loriga, Hakan Nesser, Needcompany, Nico & The Navigators, Richard Powers, Rimini Protokoll, Felix Ruckert, Salman Rushdie, Christoph Schlingensief, Raoul Schrott, Societas Raffaello Sanzio, Vladimir Sorokin, Marlene Streeru-witz, Meg Stuart, Theéâtre Ubu, Wim Vandekeybus, Irvine Welsh, Tad Williams, VA Wölfl, Jin Xin, Zuni Icosahedron.
Das Muffatwerk ist seit Jahren Plattform für eine ganze Reihe von Festivals, wie die Münchner Biennale, Spielart, Dance, Tanzwerkstatt Europa, musica viva, das Münchner Jugend-filmfest und den Wortspielen. Durch Produktionsbeteiligungen und Auftrittsmöglichkeiten unterstützt das Muffatwerk auch die lokale Performanceszene.
Ein weiterer Punkt im Programm ist der konsequente Einsatz der Neuen Medien für den kunstschaffenden Prozess. Auch hier will das Muffatwerk Trends setzen und die Brücke zwischen Kunst und Wissenschaft sichtbar machen. In diesem Zwischenbereich wurden Medienfestivals wie die Serious Chiller Lounge, Future Communities, Digital Crossover und Make World entwickelt und veranstaltet. Des weiteren konnten so unterschiedliche Werke wie die Amorphic Robot Works des Amerikaners Chico MacMurtrie, die Cyborg-Fantasien des australischen Hightech-Stars Stelarc oder die New-Cinema-Installationen des deutsch-österreichischen Künstlerduos Granular Synthesis produziert werden.